Je crois que l'emploi de l'imparfait du subj ou même d'un passé simple est d'un registre plus adapté à cette traduction. Ou alors mieux vaut encore éviter la question du subjonctif avec malgré.

Après diverses difficultés initiales, nous savons...
Quelles qu'eussent été les difficultés initiales, nous savons

Quand le verbe de la principale est à un temps du passé (récit), celui de la subordonnée est à l'imparfait du subjonctif:
- je craignais qu'il ne fût trop tard (imparfait + imparfait du subjonctif).

Pour exprimer l'aspect accompli dans la subordonnée, on emploie soit le passé, soit le plus-que-parfait du subjonctif:
- je crains que mes paroles n'aient été mal interprétées (présent + passé du subjonctif).
- il craignait que ses paroles n'eussent été mal interprétées (imparfait + plus-que-parfait du subjonctif).

Remarques
Dans la langue courante, on emploie souvent le présent ou le passé composé du subjonctif au lieu de l'imparfait ou du plus-que-parfait de ce mode, c'est à dire qu'on se borne à exprimer l'opposition entre le non accompli et l'accompli:
- j'avais peur qu'il soit trop tard (subjonctif présent = non accompli).
- il avait peur que ses paroles aient été mal interprétées (passé du subjonctif = accompli).

Même dans la langue soignée, l'imparfait et le plus-que-parfait du subjonctif ne sont guère usuels qu'à la 3e personne (sauf pour être et avoir, où toutes les personnes peuvent s'employer):
- je craignais que vous n'arriviez en retard (subjonctif présent).
et non :
- je craignais que vous n'arrivassiez en retard (imparfait du subjonctif).