Ostomie signifie communication artificielle par abouchement d'un organe creux à la peau. Du latin Os, oris = bouche (qui a donné notamment orifice, oral, etc.)
La "Bible" du FR médical, le CHU Rouen et le thésaurus CISMeF donnent comme terme maître : ostomie.
Voir
http://www.chu-rouen.fr/ssf/chir/ostomie.html

qui renvoie notamment ici :
http://info.cancer.ca/f/glossary/O/Ostomie.htm
Même si "stomie" est passé dans la langage courant, nous ne devons pas mépriser pour autant le terme de référence (3450 hits sur Google en FR de FRance pour ostomie.
Voir ici : http://www.boursica.com/?/depeches/lire1.php1/news/26565
Alan F. Herbert, président de Hollister Incorporated, a déclaré, << Hollister a pour mission d'enrichir la vie des gens qui utilisent nos produits et de leur rendre leur dignité. Nous sommes ravis d'acquérir le ZASSI Bowel Management System et nous sommes vraiment impressionnés par l'innovation de ZASSI. L'expérience initiale sur le marché a confirmé le potentiel qui existe d'améliorer la qualité de vie du patient et de réduire les coûts des soins de santé. En tant que leader dans le domaine de l'ostomie, revendiquant des dizaines d'années d'expérience en gestion des déchets gastro-intestinaux, la société Hollister, avec ses compétences principales et son solide engagement envers les relations client, est bien placée pour capitaliser sur ce marché important en pleine expansion. En tant que société mondiale, Hollister va oeuvrer pour faire en sorte que le ZASSI Bowel Management System apporte une valeur et une qualité de vie optimales aux soins de santé du monde entier. >>

Voir Pages 9 et 10 de ce document officiel FR (ci-dessous extrait de la page 10 - Dénomination officielle de ces dispoitifs) :
ISO 16391:2002
Aides pour ostomie et incontinence -- Dispositifs d'irrigation -- Exigences et méthodes d'essai
sur http://www.sante.gouv.fr/htm/actu/lecomte/annexe9.pdf