Uma possibilidade. Entendo que "self" aqui se refere ao que é próprio do organismo em questão. Por exemplo, uma célula "self" de uma pessoa é uma célula do corpo dessa pessoa, com a constituição genética dessa pessoa, em oposição a uma célula de uma bactéria que possa estar presente no corpo dessa mesma pessoa, mas não é dela, ou seja não é "self". A sequência peptídica mínima própria seria uma cadeia de peptídeos capazes de caracterizar as proteínas "self", permitindo assim que o sistema imune identifique as células ou proteínas exóticas e as elimine. Considero "self" uma palavra facílima de entender e dificílima de traduzir.

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Note added at 6 hrs (2019-04-01 00:05:52 GMT)
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Por meio da sequência peptídica o sistema verifica se a proteína é self ou não, elimina o que não é self (próprio) e deixa o que é próprio passar incólume.