Hola:

En realidad, todo el ejemplo Si usted siente que "hay algo que no esté bien" es una proposición subordinada adverbial condicional, y no tenemos la oración principal. Dentro de esta subordinada "que hay algo que no esté bien" es el objeto directo del verbo "sentir", y dentro de este objeto directo, "que no esté bien" es una proposición subordinada adjetiva que modifica a "algo". Mi intención no es aburrir con un análisis sintáctico, sino explicar por qué no estoy de acuerdo con la explicación que habla de subordinadas y principales para justificar el uso del subjuntivo. Además, existen muchas posibilidades de correlación verbal en el caso de las subordinadas condicionales, que no necesariamente exigen el uso del subjuntivo en la subordinada.

Pensemos en un ejemplo similar. ¿Acaso, usaríamos el modo subjuntivo en "Si usted siente que esté cansado...; Si usted siente que no esté bien...", etcétera?

Con todo esto, quiero decir que, en mi opinión, lo correcto es usar el modo indicativo en este ejemplo concreto: "Si usted siente que hay algo que no está bien". Y si fuera posible, incluso modificaría un poco la redacción: "Si usted siente que algo no está bien".

Saludos.

Cielo Pipet