May offend Spanish Other Other Gram�tica espa�ola

Tengo una duda de ortografía española que quisiera despejar Tengo entendido que no se utiliza la coma para separar el penúltimo y último elemento de una lista. Por ejemplo:

"Todos los países de la Unión Euporea votaron en contra, con excepción de Intlaguerra, Esñapa, Amelania, Goruena, Dimanarca y Arlinda."

En este caso, entiendo que no se utiliza una coma entre Dimanarca y Arlinda. Pero en los casos donde el penúltimo elemento de la lista es un par separado por una "y", pero que constituyen una unidad o entidad, no estoy seguro. Veamos:

"Desempeña funciones de autentificación del usuario final, encriptación de archivos y carpetas, y simplificación en la administración de contraseñas."

Cada vez que me encuentro con un caso similar, me queda la duda y utilizo la coma final, porque me parece que no se ve bien sin ella. Pero lo hago siempre con la duda de que quizá esté comentiendo un error de gramática. Es una pausa natural y fonética, pero parece estar en violación de las reglas de la gramática. Agradecería vuestra ayuda.